L’auto-entrepreneur, une fois qu’il a créé son auto-entreprise (une entreprise individuelle au régime fiscal particulier), doit gérer cette entreprise et peut rencontrer des difficultés spécifiques aux auto-entrepreneurs :
 Un auto-entrepreneur peut travailler à domicile ou louer un local commercial mais dans les deux cas les droits de l’auto-entrepreneur sont limités.
 L’option pour l’AERL est un moyen pour l’auto-entrepreneur de limiter les risques professionnels liés à son auto-entreprise.
 Les remboursements de frais de l’auto-entrepreneur entrent dans son chiffre d’affaires et donc dans la base de calcul de ses prélèvements obligatoires ; l’auto-entrepreneur a donc plus intérêt à constater des débours plutôt que des frais professionnels.
 En cas de dépassement du chiffre d’affaires maximum autorisés pour un auto-entrepreneur, ce dernier devient immédiatement imposable à TVA, perd le bénéfice de l’ACCRE et certainement à son statut d’auto-entrepreneur dès l’année suivante.
 La relation entre un auto-entrepreneur et son unique client risque d’être requalifiée en contrat de travail. Lorsqu’une entreprise fait appel à un auto-entrepreneur en sous-traitance, lorsqu’un auto-entrepreneur travaille pour un client exclusif, les deux parties ont tout intérêt à pouvoir l’indépendance de l’auto-entrepreneur vis à vis de son client.